בשנת 1969 החלו פעילים ציונים מצפון אמריקה לפעול למען העלאת יהודי אתיופיה לארץ. כך נוסדה האגודה האמריקאית למען יהודי אתיופיה (AAEJ) שפעלה בין השנים 1970–1993. כשהסתמן כי רוב יהודי אתיופיה כבר עלו לישראל, החליט הוועד המנהל של ה-AAEJ על פיזורו. בשנת 1994 הקימו אחדים מהחברים הפורשים את האגודה הישראלית למען יהודי אתיופיה ( IAEJ, להלן האגודה).
בראשית פעלה האגודה למען הכרה בזכויותיהם של יוצאי אתיופיה, באמצעות שדלנות והגנה משפטית. לאחר הצטרפותם של ארגונים נוספים לפעילות למען יוצאי אתיופיה, התחילה האגודה להתמקד בתחומי החינוך, הדיור והתעסוקה, אותם ראתה כעוגנים הכרחיים למימוש ההשתלבות בחברה הישראלית. מעבר לכך, מראשיתה היתה האגודה פעילה גם בתחומים שונים ומגוונים הנדרשים מצו השעה.
הניסיון שצברה האגודה בהתמודדות עם קשיי הקהילה, מהווה מקור לסיוע ולייעוץ מקצועי לשאר הארגונים הפועלים לשיפור השתלבות יוצאי אתיופיה בחברה בישראל.
